Song song với việc tăng cường khuyến lâm, khuyến ngư, trao tri thức, kinh nghiệm sản xuất hiệu quả cao cho nông dân thì công tác dịch vụ nông nghiệp, bảo vệ thực vật được các đơn vị chức năng ở Yên Châu chú trọng triển khai. Đầu năm đến nay, đã tổ chức gần 100 đợt điều tra phát hiện sinh vật hại trên cây lúa, ngô, cây ăn quả, cây công nghiệp; các doanh nghiệp, đại lý phân bón, thuốc bảo vệ thực vật, kinh doanh cây giống, con giống…
Chuối Yên Châu khi ăn có vị ngọt đậm và mùi thơm khác hẳn so với chuối ở nhiều địa phương khác.
"Chúng tôi đã phát hiện và xử lý kịp thời hơn 1.787 ha cây trồng bị nhiễm các loại sinh vật hại đến ngưỡng phải phòng trừ; đồng thời xử phạt 24 cơ sở sản xuất – kinh doanh trong lĩnh vực nông nghiệp chưa đảm bảo qui định. Đó là một trong những biện pháp bảo vệ quyền lợi nông dân" – ông Nguyễn Văn Điện, Trưởng phòng NN&PTNT huyện, bảo vậy.
Một trong những hoạt động đặc biệt có ý nghĩa đối với quá trình xây dựng và bảo vệ các thương hiệu rau – củ - quả tươi trên địa bàn là Quản lý chất lượng Nông – lâm-thủy sản. Cũng theo ông Điện thì "Yên Châu đã xây dựng được những thương hiệu, những nông sản có tên tuổi và cần phải bảo vệ tốt những thương hiệu ấy. 9 tháng đầu năm, chúng tôi đã cung cấp ra thị trường hơn 64 tấn rau sạch; gần 290 tấn thịt lợn và lợn giống thương phẩm theo chuỗi nông sản an toàn. Đó là lợi thế cần được bảo vệ và phát huy".
Không chỉ hỗ trợ nông dân về kĩ thuật trồng, chăm sóc các loại cây ăn quả, huyện Yên Châu còn đẩy mạnh xúc tiến thương mại, tìm đầu ra cho nông sản trong huyện.
Chính vì thế, trong năm, huyện đã phối hợp với Chi cục Quản lý Chất lượng Nông-Lâm-Thủy sản của tỉnh tiến hành lấy 27 mẫu kiểm nghiệm an toàn thực phẩm trên rau, thịt, cá ở 1 số xã trong huyện và phát hiện, chỉ đạo điều chỉnh kịp thời những hoạt động sản xuất chưa đảm bảo tiêu chuân VietGAP để tạo ra 1 thị trường chung lành mạnh.
Đàn gia súc, gia cầm phát triển và trở thành hàng hóa vừa là lợi thế nhưng cũng là thách thức trong công tác kiểm soát; phòng, chống dịch bệnh lây lan trên địa bàn. Mặc dù lực lượng thú y còn mỏng, phương tiện hoạt động hạn chế, giao thông không thuận lợi nhưng lực lượng cán bộ thú y từ huyện đến cơ sở đã phối hợp tốt với các xã để tăng cường kiểm tra việc xuất – nhập, giết mổ gia súc, gia cầm cũng như khử trùng, tiêu độc, dập dịch, chống bệnh khi có sự cố xảy ra.
Cây ăn quả được xem là thế mạnh trong sản xuất nông nghiệp của huyện Yên Châu .
Lão nông Lò Văn Ắng – chủ hộ có hơn 1 ha xoài trứng ở bản Pát, xã Chiềng Pằn, huyện Yên Châu, bảo: Tôi thấy mấy năm gần đây, các đơn vị chức năng làm rất tốt nhiệm vụ bảo vệ nông dân. Có những thương lái muốn lợi dụng tên tuổi của nông sản Yên Châu để trộn hàng nơi khác về bán hoặc lợi dụng nông dân kém hiểu biết để bán phân bón, thuốc bảo vệ thực vật, giống kém chất lượng… nhưng đều bị phát hiện và xử lý. Nông dân mà được Nhà nước quan tâm hỗ trợ như thế thì còn gì vui bằng nữa.