Hiện nay, khu di tích Ngọa Vân đã được quan tâm đầu tư trùng tu tôn tạo và nâng cấp với 2 đường đi: Đường bộ và cáp treo, phục vụ nhu cầu tìm về miền đất tâm linh của khách thập phương.
Chùa nằm ở vị trí trung tâm sườn phía Nam của núi Bảo Đài (Nay là núi Vây Rồng), ở độ cao trung bình 588m – 644m so với mặt nước biển, tựa lưng vào núi Bảo Đài. Chùa là một cụm các công trình phân bố từ chân lên đỉnh của ngọn Ngọa Vân nơi nhân dân hiện nay quen gọi là khu Chùa đổ hay Nhà Mẫu và Bàn Cờ tiên.
Là nơi Phật hoàng tu hành và đắc đạo, Ngọa Vân trở thành thánh địa của Thiền phái Trúc Lâm, ngay sau khi Ngài mất, tổ Pháp Loa đã cho xây dựng và mở mang Ngọa Vân. Đến nay, Ngọa Vân đã trở thành một quần thể kiến trúc chùa tháp lớn trên dãy Yên Tử.
Được biết, mỗi năm có hàng triệu lượt khách hành hương đến Yên Tử - Chùa Đồng, tuy nhiên mỗi năm cũng chỉ có khoảng vài ngàn lượt người hành hương về Am Ngọa Vân ở phía Tây dãy Yên Tử do di tích này có đường sá đi lại rất khó khăn.
Chùa Ngọa Vân được xây dựng, mở rộng dưới thời Lê Trung Hưng, được trùng tu tôn tạo dưới thời nhà Nguyễn. Trải qua thời gian, phần lớn kiến trúc của thánh địa Phật Giáo Trúc Lâm đã bị phá hủy. Trong ảnh là di tích chùa Ngọa Vân đổ nát (Ảnh: Nguyễn Văn Anh).
Hiện nay, con đường hành hương lên Ngọa Vân không còn gian nan như trước đây nữa. Các loại xe có thể đưa du khách đến tận cửa Phủ, tại đây khách thập phương có thể lựa chọn đi theo đường bộ dải đá, leo 2 nghìn bậc là đến nơi.
Bên cạnh bộ hành vãn cảnh, du khách có thể lựa chọn cách đi cáp treo và đi bộ thêm khoảng 300m là được chiêm ngưỡng quang cảnh chùa Ngọa Vân được tôn tạo đẹp đẽ, hùng vĩ.
Những người thường đi hành hương tại đây cho biết, trước đây khi chưa được tôn tạo, con đường hành hương về với đất Phật Ngọa Vân rất khó khăn, toàn bộ phải leo đường rừng hiểm trở. Từ khi được tôn tạo, trùng tu, quần thể khu di tích đã được phục hồi lại diện mạo hùng vĩ vốn có, người dân có thể hành hương dễ dàng hơn.
Lễ khai hội Xuân Ngọa Vân trở thành lễ hội truyền thống hàng năm, kéo dài trong suốt 3 tháng mùa xuân. Đây là hoạt động văn hóa mang giá trị nhân văn sâu sắc, thể hiện đạo lý “uống nước nhớ nguồn”; là dịp để người dân và du khách tri ân công đức to lớn của Đức Vua - Phật Hoàng Trần Nhân Tông và tôn vinh những giá trị tư tưởng của Thiền phái Trúc Lâm.