Trường Thiếu niên dân tộc huyện Bát Xát nay là Trường PTDTNT THCS&THPT huyện Bát Xát được thành lập năm 1974 theo Quyết định số 360/QĐ-TC ngày 23/5/1974 của Ủy ban Hành chính tỉnh Lào Cai. Khi mới thành lập, nhà trường đóng tại xã Y Tý, chỉ đào tạo cấp tiểu học.
Năm 1978, nhà trường chuyển về xã Mường Hum, tiếp tục thực hiện nhiệm vụ đào tạo con em các dân tộc thiểu số huyện Bát Xát có trình độ tiểu học để tạo nguồn đào tạo cán bộ người địa phương; năm 1984, nhà trường chuyển về xã Bản Xèo. Từ năm 1991, nhà trường thực hiện nhiệm vụ đào tạo cấp tiểu học và cấp THCS.
Năm 1998, nhà trường chuyển về tổ 11, thị trấn Bát Xát và đổi tên thành Trường PTDT nội trú huyện Bát Xát. Đến năm 2000, nhà trường chỉ đào tạo cấp trung học cơ sở. Tháng 12/2015, nhà trường được UBND tỉnh Lào Cai quyết định nâng cấp thành trường có hai cấp học (THCS và THPT) và mang tên Trường PTDTNT THCS&THPT huyện Bát Xát.
Được sự quan tâm của Đảng và Nhà nước, cấp ủy, chính quyền địa phương, hiện nay, cơ sở vật chất của nhà trường đã được đầu tư đồng bộ bảo đảm các điều kiện cho công tác dạy và học.
Bên cạnh đó, các chế độ chính sách dành cho học sinh được thực hiện đầy đủ, kịp thời, đội ngũ cán bộ quản lý, giáo viên, nhân viên được chuẩn hóa đáp ứng yêu cầu đổi mới giáo dục trong thời kỳ phát triển mới.
Từ năm học 2019 – 2020 đến nay, chất lượng giáo dục của nhà trường đã được nâng lên rõ rệt, trong 5 năm học, trường đã giành được 230 giải học sinh giỏi cấp huyện, 91 giải học sinh giỏi cấp tỉnh trong đó có 3 giải Nhất, 7 giải thi khoa học kỹ thuật cấp tỉnh, 6 giải thi sáng tạo thanh thiếu niên nhi đồng cấp tỉnh, hơn 50 giải thể thao cấp tỉnh...
Hằng năm, tỷ lệ đỗ tốt nghiệp THCS, THPT luôn đạt 100%, số học sinh đi học Cao đẳng, Đại học sau tốt nghiệp THPT hàng năm luôn đạt trên 70%; liên tục trong 4 năm học chi bộ nhà trường có 7 học sinh đã được kết nạp vào Đảng.
Năm học 2023 – 2024, tấm tranh thêu thổ cẩm "trường học vùng cao" của nhà trường được công nhận là "Kỷ lục Việt Nam".
Tự hào với những kết quả mà các thế hệ nhà giáo, các thế hệ học sinh của nhà trường qua các thời kỳ đã đạt được, thời gian tới, trường PTDTNT THCS&THPT huyện Bát Xát tiếp tục thực hiện đổi mới giáo dục theo tinh thần Nghị quyết 29.
Nhà trường tiếp tục tập trung xây dựng đội ngũ giáo nhà giáo vững về chính trị, giỏi về chuyên môn, trong sáng về phẩm chất đạo đức, tâm huyết với sự nghiệp trồng người, gương mẫu.
Thực hiện tốt cuộc vận động "Mỗi thầy cô giáo là một tấm gương tự học, sáng tạo"; tăng cường đội ngũ giáo viên là người dân tộc thiểu số; xây dựng môi trường giáo dục thân thiện, lành mạnh, an toàn.
Với mỗi em học sinh học tập và rèn luyện phải đi đôi với bảo tồn và phát huy giá trị văn hoá truyền thống của đồng bào dân tộc thiểu số trên địa bàn...
Tại buổi gặp mặt này, Trường PTDTNT THCS&THPT Bát Xát đã vinh dự được nhận bằng khen của Chủ tịch UBND tỉnh Lào Cai vì "Đã có thành tích xuất sắc đột xuất trong giáo dục bảo tồn nghề thêu truyền thống được tổ chức kỷ lục Việt Nam xác lập kỷ lục "tấm tranh thêu thổ cẩm lớn nhất do các nữ sinh trung học phổ thông thực hiện, có chủ đề về các địa danh tại huyện Bát Xát tỉnh Lào Cai".
Cũng tại buổi gặp mặt, lãnh đạo, cơ quan, đơn vị, cựu học sinh, các bậc cha mẹ học sinh, các em học sinh đã dành những tình cảm trân quý, những bó hoa tươi thắm gửi tới các nhà giáo, những người đã tận tâm cống hiến cho "sự nghiệp trồng người" của quê hương Bát Xát trong suốt chặng đường 50 năm qua.
Trải qua 50 năm xây dựng và phát triển, Trường Thiếu niên Dân tộc huyện Bát Xát (nay là Trường PTDTNT THCS&THPT huyện Bát Xát) đã được các cấp quản lý ghi nhận với 2 Cờ Thi đua của UBND tỉnh (vào các năm 2013, 2022), 7 danh hiệu tập thể lao động xuất sắc do UBND tỉnh công nhận, 3 bằng khen của Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam, 1 bằng khen của Ủy ban Hội Liên hiệp Thanh niên Việt Nam, 3 bằng khen của UBND tỉnh Lào Cai và nhiều danh hiệu thi đua, hình thức khen thưởng khác do Sở GD&ĐT, UBND huyện Bát Xát ghi nhận.